I fondi dell'Unione Europea per la cooperazione costituiscono una delle direttrici di sviluppo più importanti per un territorio e garantiscono il finanziamento di progetti di collaborazione fra ministeri, enti locali, università, centri di ricerca, agenzie, imprese ed altri soggetti del partenariato economico e sociale, operanti in Paesi diversi.

I dieci programmi di Cooperazione territoriale in cui la Puglia è eleggibile, assieme a tutti i programmi a gestione diretta della Commissione Europea, consentono di lavorare con partenariati europei su tematiche di innovazione per una crescita smart del nostro territorio, con partenariati dell'area balcanica su tematiche di sviluppo congiunto e di facilitazione del processo di adesione all'UE, con i partenariati mediterranei per individuare strumenti comuni per una crescita sostenibile dell'area.

Tra le forme di collaborazione di livello internazionale, rientrano, invece, le attività di cooperazione decentrata, la cooperazione allo sviluppo finanziata con fondi regionali e lo strumento comunitario di assistenza esterna Europaid.